El 8 de agosto de 1736 los restos mortales de los reyes Fernando IV 'El Emplazado' y su hijo Alfonso XI 'El Justiciero' fueron trasladados con todos los honores a la Real Colegiata de San Hipólito desde su sepultura en la Mezquita Catedral de Córdoba.
Este fue el desenlace de muchas rogativas, iniciadas en 1729, de los Canónigos de la Colegiata que permitieron que Felipe V autorizara el traslado de los restos de los reyes sepultados en la Capilla Real de la Mezquita Catedral. Así, en 1730 se iniciaron las obras en la Colegiata para terminar las obras de la Iglesia.
La Iglesia de San Hipólito de Córdoba fue fundada como Monasterio por Alfonso XI en 1343, como agradecimiento por su victoria en la Batalla del Salado y, también, para destinarla a Panteón Real, es decir, para albergar los restos de su padre, el rey Fernando IV 'El Emplazado", que en ese momento estaba sepultado en la Mezquita Catedral de Córdoba.
Cuatro años después, en 1347, fue elevada al rango de Colegiata por el Papa Clemente VI, con el fin de que en éste templo pudieran ser celebrados los oficios en memoria de los reyes difuntos con toda la solemnidad posible. El Papa autorizó el nombramiento de un Prior y de nueve canónigos para la Colegiata. Las obras de construcción del edificio fueron muy lentas, y sólo se realizaron la cabecera y el crucero durante los reinados de Alfonso XI y de Pedro I, su hijo, quedando inconcluso el resto del edificio, hasta el siglo XVIII.
Fernando IV murió en Jaén en 1312, a los 27 años, y aunque en sus últimas voluntades indicaba que deseaba ser enterrado junto a su padre Sancho IV 'el Bravo' en la Catedral de Toledo, o bien en la Catedral de Sevilla junto a su abuelo Alfonso X el Sabio y su bisabuelo el rey Fernando III el Santo, lo cierto es que se dispuso que su cadáver recibiera sepultura en la Mezquita Catedral de Córdoba. El cambio de lugar se hizo para evitar la total descomposición del cadáver durante el traslado por las altas temperaturas, puesto que el rey falleció en pleno verano.
Por otro lado, en 1350, mientras sitiaba Gibraltar y a causa de la peste, murió el rey Alfonso XI, a los 39 años y en un primer momento fue sepultado en la Capilla Real de la Catedral de Sevilla junto a sus regios antepasados, pero en 1731 sus restos mortales fueron llevados a la Capilla Real de la Mezquita Catedral de Córdoba, siendo sepultado al lado de su padre, el rey Fernando IV 'El Emplazado'. En 1371 habían sido terminadas las obras de la Capilla Real de la Mezquita Catedral y allí permanecieron los restos de ambos monarcas durante varios siglos, depositados en ataúdes de madera. En 1571, durante una visita a la ciudad de Córdoba, el rey Felipe II, los ataúdes fueron abiertos, y el rey pudo contemplar los restos de sus dos antepasados.
Las obras realizadas en el siglo XVIII, ejecutadas por Juan de Aguilar, afectaron fundamentalmente a la nave, crucero y fachada de la Iglesia.
A lo largo de los siglos XVIII y XIX se levantaron una serie de dependencias que dieron al conjunto de la Colegiata su fisonomía actual.
